تم انشاء المركز بناءً على قرار مجلس الوزراء رقم 333 بتاريخ 1434/10/19هـ على ان يكون مرتبط تنظيميا بمجلس الخدمات الصحية ويتصل بشبكة آلية للمعلومات الصحية مع وزارة الصحة , الخدمات الطبية في الأجهزة العسكرية , المستشفيات الجامعية وغيرها من الأجهزة الحكومية ذات العلاقة.